“当初取消农业税后，一种判断认为由于农民的负担减轻，农村干群之间的矛盾会弱化。但实际上随着中央强农惠农政策的力度不断加大，村干部手中掌握的可支配资源比过去更多了。同时城镇化工业化进程不断加速，城乡利益格局发生新变化。新形势下干群矛盾呈现了新的表现形式。”全国人大代表、全国人大农业与农村委员会委员张晓山表示，在集体所有土地被征收的收益分配中，村干部将起到举足轻重的作用，集体所有的一部分非农建设用地的使用权在很大程度上也掌握在村干部手中。还有，在新形势下，投向农村的国家各类专项资金增多，农村基层组织也有可能掌控一部分项目资金。项目资金的使用、新农村或新型社区建设中与开发商的合作等事项，都有可能出现私相授受，使群众的利益被侵犯。

　　张晓山认为，不正之风和农村基层腐败问题的根源在于农村基层组织结构和治理机制存在的问题，农村基层组织呈现政治、经济、社会“三合一”的综合性质，在农村基层民主政治建设中，民主选举取得的成绩最为突出，而民主决策、民主管理和民主监督却处于被忽视和较低的水准。

　　针对这些问题，张晓山建议，通过组织体系和治理机制的创新，从源头上根治腐败。要全面推进农村的综合配套改革，一是要对农村行政村一级综合性组织形式解构功能，分散权力；二是将自治功能和监督制衡功能下沉到农村最基层。

　　深化行政管理体制和财税体制改革。要调整国民收入分配格局，使乡镇和村委会能拥有为群众提供服务的资源和能力。从长远看，公共财政应覆盖到行政村一级，村干部可以交叉任职，但不同类型组织的功能和服务对象必须区分开来。村委会仅仅承担村庄的公共服务职能，把土地等集体资产的管理权完全剥离到农民集体经济组织手中。

　　界定农村集体经济组织的功能和认定成员资格。农村集体经济组织作为集体所有权权能的行使载体，体制机制要进一步完善和创新。要正视人民公社时期三级所有、队为基础的制度遗产依然存在的现实。与村民自治功能下沉到村民小组层级的探索相一致，农村集体经济组织也应以村民小组（原生产队一级）为基础性层级，建立村民小组和行政村两级的集体经济组织架构，形成对掌控集体经济的村干部的有效制衡机制，防止集体经济再次蜕变为“干部经济”。

　　培育出各种类型的社会组织来接手乡镇与行政村组织的一些功能。农村发育多元化组织的一个重要的方面是大力发展农村的社会团体、农民的合作社及各类协会等，提升农村弱势群体的社会资本和组织资本，以促进当地社会的稳定繁荣。